Fondata il 19 settembre del 1349 da Giovanni Visconti, che ricopriva la carica di Signore ed Arcivescovo di Milano, sorgeva al centro del borgo di Garegnano, quasi 4 Km oltre le mura cittadine.
Era stata costruita lontano dalla città per consentire ai monaci di poter vivere in silenzio e solitudine. Il Visconti, resosi conto di non avere molto tempo da dedicare alla preghiera, voleva chiamare presso la sua diocesi un ordine religioso dedito esclusivamente alla preghiera ed alla meditazione. Nell’atto di fondazione della Certosa, dunque, egli dichiarò espressamente che fondava la Certosa di Milano affinché i monaci pregassero al suo posto:
“A coloro che si dedicano al servigio del Dio della virtù, essendo sovraccarichi di altri doveri pubblici, accade spesse volte, di essere allontanati, per diverse e molteplici ragioni, dalla meditazione, dalla contemplazione da altri esercizi spirituali, a cui dovrebbero attendere continuamente […] perciò, abbiamo voluto coi beni nostri fraterni e non coi beni di qualche Chiesa, o possedimenti da dignità ecclesiastiche, far erigere in onore della B. V. Maria Madre di Dio e di N. S. G. C. nel villaggio di Garegnano della diocesi di Milano, una casa dell’Ordine dei Certosini, la quale verrà chiamata: Monastero di Santa Maria o Casa dell’Agnus Dei“.